电控发动机在使用过程中，若发生故障，用故障自诊断系统或使用专用的检测诊断设备诊断时，无故障码显示，或者是有故障码，但不是故障的真正原因。此时若更换故障码所指示的相应部件，故障仍然存在，排除不了。这种故障就称之为疑难故障。亦称软故障。
疑难故障的诊断往往是非常困难的。它要求维修人员要有相当坚实的理论基础和分析问题的能力。排除疑难故障往往要耗费相当长的时间，只有这样才能找出故障的真正原因。
电控发动机与化油器式发动机最大的不同在燃油供给系。电控发动机的燃油供给系取消了化油器，却增加了不少电子自动控制装置。其中包括许多传感器，执行元件和ECU。它不仅要完成化油器所要完成的任务，而且要完成化油器难以完成的任务。例如，使可燃混合气的空燃比浓度能控制在所需要的范围内。化油器式发动机油路和电路划分的非常清楚，互相影响不大。而电控发动机燃油供给系统增加了电子控制部分，这就使得油路和电路相互联系，它不仅影响发动机燃油系的工作，而且还影响发动机的正常运行。由于电控发动机电子控制装置的增加，这就使发动机的整个结构(包括电控系)更为复杂。由于结构复杂，所以它的故障排除就更复杂和困难一些。特别是我们很多维修人员和技术人员对电控这一部分都不甚熟悉，这就更增加了排除故障的困难。
根据实际工作中发生的各种故障现象，疑难故障大致有以下五种情况：一是间歇性故障；二是虚假性故障；三是交叉性故障；四是潜伏性故障；五是人为故障。
间歇性故障的特点是：时有时无，不是持续性发生。征兆表现不稳定。其原因大多是由于某些插头或导线接触不良所致。
虚假性故障的特点是：故障现象以非电控形式出现，故障真正原因难以查明，而导致发生故障的真实原因不是机械部分，而是电控部分。如某些传感器失灵，误导ECU发出错误指令，进而使故障恶性循环，造成机件的严重损坏。
交叉性故障的特点是：电控与非电控部分同时出现综合性故障，非电控故障掩盖了电控故障，此时只重视机械方面故障的排除，而忽视和掩盖了电控系统方面的故障。
潜伏性故障的特点是：有故障存在，没有明显的故障征兆，通常为隐蔽状态，而只有在特定条件下(如受振动、受热、受潮湿)其症状才会显现出来。
人为性故障的特点是：人为造成电控系统新的故障。其原因是驾驶员反映情况有误或车载自诊断系统紊乱(出现假码或乱码)时，维修人员未经科学分析和详细检测而使电控部分产生了新的故障。
